参考文献是在学术研究过程中，对某一着作或论文的整体的参考或借鉴。征引过的文献在注释中已注明，不再出现于文后参考文献中。
SCI论文写作通常被引用的参考文献包括四类：
1)有历史背景和意义的文献;
2)实验引用的方法;
3)支持性或冲突的证据;
4)比较用的类似文献。
原则上在引用参考文献时要引用直接相关的(relevant)、特定性的(specific)和清晰的(clear)文献以印证自己的说辞。而且，直接地引用原着(primary publications)优于间接引注。引用综合评论(review articles)或学术性专书中的章节亦无不可。但是有二个不可忘记的原则︰
其一是要引用原始的文献，避免引用二手文献，以免造成错误或误解。
其二要引用自己看过的文献，而且是正确地引用，如果从记忆中去引用文献，常会有出错的危险，所以文献要经过心思的消化。
在国内，常有因各种的因素之限制，不易或无法取得原始的文献，因此，有些作者则以自己所能取得的文献中的文献为文献，此虽有不得已的苦衷，但严格地说，这种作法并不可取。
有极少数例外的情形是在一些以撰述历史性的人事或理念的专书中偶尔可见引用二手文献的情形，但那是限于历史久远及被珍藏而无法取得的典籍，此种情况则可用“Smith P(1832). Cited by Adams BK in :篇名.杂志名称.年;卷期︰起迄页数.”。若文献的来源难觅则应尽量地不用或少用这种文献。学术会议的摘要可当文献被引用，但如该摘要已撰成原着发表，则应引用原着。
已被接受但尚在刊印中的论文写作可被引用为参考文献，但要括号注明「付梓中」(inpress)或「将刊出」(forthcoming)。但是那些「私人通讯」(personal communication)或「未发表的观察」(unpublished observations)不能被列为参考文献，只能在论文的本文中叙述，而且前者要注明讯息交付者及交付时间;后者则要注明信息来源，并有书面同意。
