应用实践表明，SCI的引文统计数据用于宏观层次(如国家或研究机构)的整体科研评价是有统计意义的，但在微观层次(如研究人员)个体的研究评价中，由于科研产出的周期性、不同学科引证行为的差异性及主要引证指标的不确定性，对该方法的使用需特别谨慎。
将影响因子和被引频次与期刊和论文的学术质量直接联系，是没有任何科学依据的。这是因为论文的引证中存在有大量的作者自引、反引(批评式引用)、合作者和小团体间的“友情互引”，以及一般意义上的“罗列式引用”，等等。因此，期刊的影响因子和论文的被引次数并不能与其科学价值成正比。并且，论文的被引用次数与期刊的影响因子并不存在“互逆”关系，统计表明，刊物中15%和50%的论文分别贡献了各自刊物总被引频次的50%和90%。
此外，由于对引证实际和规律的缺乏了解，有些管理人员在评价中使用引证分析方法时，常将不同学科的期刊和论文置于同一引证标准比较评价，这十分不切实际。这是因为不同学科的期刊数目和引证行为相差很大，从而导致不同学科间刊物的影响因子产生较大差异。
